Medal Pro Ecclesia et Pontifice przyznany prof. Henrykowi Skarżyńskiemu przez Papieża Franciszka jako dowód uznania oraz zaangażowanie w pracę na rzecz człowieka i dobra wspólnego
2011
Medal Honoru przyznany przez Prezydenta Gruzji Michaila Saakaszwilego
Kryształowy Dwunastościan przyznany przez Radę Centrum Studiów Zaawansowanych Politechniki Warszawskiej za osiągnięcia w budowaniu efektywnych przestrzeni badawczych i przełamywanie granic poznania.
Tytuł „Benevolenti” za wspieranie inicjatyw pro społecznych Fundacji Pro Seniore i działalność charytatywną na rzecz lekarzy seniorów
Medal im. Tytusa Chałubińskiego za długoletnią i efektywną pracę W Klinice Otolaryngologii I Wydziału Lekarskiego i szczególne zaangażowanie oraz wkład wniesiony na rzecz rozwoju Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego
Order ECCE HOMO dla prof. Henryka Skarżyńskiego za wyjątkowe poświęcenie swego życia, swych talentów w służbie bliźniemu dogłębną wiedzą medyczną w zakresie mowy i słuchu
Odznaka „Bene Meritus” – za ofiarną służbę w ochronie zdrowia i życia ludzkiego, za tworzenie nieprzemijających wartości dla dobra społeczeństwa oraz za wybitne zasługi dla Polskiego Towarzystwa Lekarskiego
2006
„LAUDABILIS” odznaczenie przyznane przez Okręgową Radę Lekarską i tytuł „Godny zaufania” za szczególne zasługi na rzecz Samorządu Lekarskiego
Dyplom uznania Ministra Gospodarki dla prof. Henryka Skarżyńskiego z okazji 25-lecia polskiej transformacji w uznaniu za aktywne propagowanie idei i ducha przedsiębiorczości oraz zaangażowanie i wkład w rozwój polskiej gospodarki
2014
I miejsce dla prof. Henryka Skarżyńskiego za program „1992 – 2014 – wszczepianie implantów leczących głuchotę” w plebiscycie „Nauka to Wolność” zorganizowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (2014)
Dyplom przyznany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za szczególną aktywność w promocji wynalazków za granicą w 2010 roku
Nagroda specjalna dla profesora Henryka Skarżyńskiego w Konkursie o Nagrodę Ministra Rozwoju Regionalnego „EUROLIDER 2011”
2010
Wyróżnienie Ministra Spraw Zagranicznych za wybitne zasługi dla promocji Polski w świecie
Nagroda Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za Międzynarodowe Osiągnięcia Wynalazcze oraz dyplom za projekt „System telerehabilitacji słuchowej pacjentów korzystających z implantu ślimakowego”
Nominacja i udział w finale konkursu nagrody Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego w kategorii „Badania na rzecz rozwoju społeczeństwa”
2003
Dyplom uznania Komitetu Badań Naukowych za opracowanie projektu „Urządzenie do przesiewowych badań słuchu”
Dyplom uznania Komitetu Badań Naukowych za opracowanie projektu „Multimedialne systemy do badania słuchu, mowy i wzroku”
Nagroda Ministra Nauki i Informatyzacji za nowatorskie wykorzystanie narzędzi informatycznych w ochronie zdrowia
Srebrny medal i tytuł Członka Nadzwyczajnego Akademii Polskiego Sukcesu
2001
Nagroda I stopnia Ministra Zdrowia za szczególne osiągnięcia w dziedzinie ochrony zdrowia, w tym za opracowanie i wdrożenie w kilku regionach kraju multimedialnych programów do powszechnych badań słuchu i mowy
Nagroda I stopnia Ministra Zdrowia za szczególne osiągnięcia w dziedzinie ochrony zdrowia, w tym za opracowanie i wdrożenie „Programu implantów słuchowych wszczepianych do pnia mózgu w Polsce”
Tytuł „Honorowego Złotego Inżyniera” Przeglądu Technicznego dla prof. Henryka Skarżyńskiego za wprowadzenie do medycyny najnowszych rozwiązań technicznych, przyznany przez kapitułę w związku ze 150-leciem Przeglądu Technicznego
Medal Prymasowski „Zasłużony dla Kościoła i Narodu” przyznany prof. Henrykowi Skarżyńskiemu przez J. E. Ks. Abp Wojciecha Polaka Prymasa Polski, za szczególne zasługi, wybitne osiągnięcia w różnych dziedzinach pracy społecznej, działalność na rzecz drugiego człowieka
Nagroda Outstanding Achievements Award przyznana prof. Henrykowi Skarżyńskiemu podczas Międzynarodowej Konferencji Implantów Ślimakowych, za nadzwyczajny wkład w rozwój nauki i medycyny oraz zapewnienie optymalnych możliwości komunikacji międzyludzkiej współczesnych społeczeństw
Złoty Medal – Grand Prix Międzynarodowej Edycji Konkursu Prix Galien w kategorii „urządzenia medyczne” za pierwszą w świecie Krajową Sieć Teleaudiologii
Złoty Medal za rozwiązanie „Telefitting – system zdalnego dopasowywania parametrów implantu ślimakowego” na 5. Europejskiej Wystawie Wynalazczości i Innowacji EUROINVENT 2013 w Rumunii
Srebrny Medal za rozwiązanie „System Zintegrowanej Operacji Komunikacyjnej „SZOK”® na 5. Europejskiej Wystawie Wynalazczości i Innowacji EUROINVENT 2013 w Rumunii
Nagroda Specjalna EYReC (ENVEX Young Researcher Club (EYReC) od Uniwersytetu Malaysia Perlis z Malezji za rozwiązanie „Telefitting – system zdalnego dopasowywania parametrów implantu ślimakowego”
Medal AGEPI przyznany przez Krajową Agencję ds. Własności Intelektualnej Republiki Mołdawii za rozwiązanie „Telefitting – system zdalnego dopasowywania parametrów implantu ślimakowego” oraz „System Zintegrowanej Operacji Komunikacyjnej „SZOK”®
2012
Medal im. Mikołaja Kopernika za wybitne osiągnięcia naukowe dla profesora Henryka Skarżyńskiego przyznany przez Prezydium Polskiej Akademii Nauk
Złoty medal dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za opracowanie pierwszej w świecie Krajowej Sieci Teleaudiologii i Telefittingu w kategorii specjalnej Elsevier Prix Galien „Innowacyjne rozwiązanie informatyczne dla medycyny” przyznany podczas I polskiej edycji prestiżowego konkursu Prix Galien
Wyróżnienie Top Medical Trends 2012 przyznane przez Polskie Towarzystwo Medycyny Rodzinnej oraz firmę Termedia
2011
Dyplom honorowy za znaczący i nieoceniony wkład w rozwój implantów słuchowych przyznany przez firmę MED-EL
Wyróżnienie przyznane przez firmę Cochlear za wkład w rozwój implantów ślimakowych
Złoty medal za opracowanie Platformy badań zmysłów, przyznany na Międzynarodowych Targach Innowacji, Badan Naukowych i Nowych Technologii „MEDINNOVA 2011”, Maroko
Honorowy Oskar Polskiego Biznesu – za osiągnięcia naukowe, kliniczne, ekonomiczne i organizacyjne w szczególności za pracę na rzecz ludzi z zaburzeniami słuchu, głosu mowy i komunikacji językowej
Główna nagroda na „21st Century Achievement Award Winners” w kategorii opieki zdrowotnej za System Zdalnego Fittingu i Telerehabilitacji” Waszyngton
„LIDER INNOWACJI” 2010 za rozwiązanie pt „System telerehabilitacji słuchowej pacjentów korzystających z implantu ślimakowego
Złoty medal z wyróżnieniem podczas 59. Światowych Targów Wynalazczości, Badań Naukowych i Nowych Technologii „BRUSSELS INNOVA 2010”przyznany przez Jury dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu i Instytutu Ceramiki i Materiałów Budowlanych za opracowanie unikalnych materiałów stosowanych m.in. w operacjach rekonstrukcyjnych ucha środkowego – cement szkło-jonomerowy do stosowania w otochirurgii
Wyróżnienie V Ogólnopolskich targów innowacji gospodarczych i naukowych INTARG-Katowice 2010 dla współautora „Systemu telerehabilitacji słuchowej pacjentów korzystających z implantu ślimakowego”
Złoty medal dla współautora Platformy Badań Zmysłów podczas Międzynarodowego Salonu „Pomysły – Innowacje – Nowe Produkty – IENA”, Norymberga
Złoty medal dla współautora Platformy Badań Zmysłów podczas IV Międzynarodowej Wystawy Wynalazków IWIS Warszawa
Nagroda dla współautora Platformy Badań Zmysłów podczas 6. edycji Międzynarodowych Targów Wynalazków i Technologii „INST 2010” w Taipei
Złoty medal dla współautora Platformy Badań Zmysłów podczas 6. Międzynarodowego Salonu Wynalazczości i Nowych Technologii „Nowe Czasy” w Sewastopolu, Ukraina
Nagroda specjalna dla współautora Platformy Badań Zmysłów, przyznana przez Stowarzyszenie „Rosyjski Dom na rzecz międzynarodowej współpracy naukowej i technologicznej” podczas 21. Międzynarodowej Wystawy Wynalazków ITEX 2010. Kuala Lumpur
Nagroda specjalna dla współautora Platformy Badań Zmysłów, przyznana przez Koreańskie Stowarzyszenie Promocji Wynalazków podczas 21. Międzynarodowej Wystawy Wynalazków ITEX 2010. Kuala Lumpur
Złoty medal dla współautora Platformy Badań Zmysłów podczas 21. Międzynarodowej Wystawy Wynalazków ITEX 2010. Kuala Lumpur
Nagroda dla współautora podczas 100. Międzynarodowych Targów Wynalazczości CONCOURS LEPINE odbywających się w Paryskim Centrum Wystawienniczym Porte de Versailles
Nagroda specjalna dla współautora Platformy Badań Zmysłów, przyznana przez ISFAHAN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY ROBOTIC CENTER podczas 38. Międzynarodowej Wystawy Wynalazków „INVENTIONS GENEVA”. Genewa
Złoty medal 38. Międzynarodowej Wystawy Wynalazków „INVENTIONS GENEVA”, Wystawa organizowana była pod patronatem Szwajcarskiego Rządu Federalnego oraz Światowej Organizacji Własności Intelektualnej WIPO
Tytuł Lidera Innowacji 2010 za rozwiązanie „Platforma Badań Zmysłów” IX edycji konkursu „Lider Innowacji” odbywającego się podczas V Ogólnopolskich Targów Innowacji Gospodarczych i Naukowych INTARG – KATOWICE
Tytuł „Firma Dwudziestolecia” dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu – wyróżnienie przyznane przez Polski Klub Biznesu
Złoty medal z wyróżnieniem 58. Międzynarodowych Targów Wynalazczości Brussels EXPO INNOVA 2009 za Platformę Badań Zmysłów
Wyróżnienie „Złoty Skalpel 2008” I edycji konkursu „Pulsu Medycyny” w kategorii rozwiązania teleinformatyczne w medycynie za udział w projektach „Teleffiting” i „Domowa Klinika Rehabilitacji”
Złoty medal Jury 108. Międzynarodowego Salonu Wynalazczości „Concours-Lépine 2009” w Paryżu dla autora i Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za „System telerehabilitacji słuchowej pacjentów korzystających z implantu ślimakowego”
Medal 60-lecia „Cepelii” przyznany prof. Henrykowi Skarżyńskiemu przez Fundację „Cepelia” – Polska Sztuka i Rękodzieło – 60 lat troski o ginące piękno
2008
Złoty medal 57. Międzynarodowych Targów Wynalazczości Brussels EXPO INNOVA 2008 oraz wyróżnienie rumuńskiego Ministerstwa Edukacji i Badań Naukowych za System do zdalnego dopasowania procesora mowy implantu ślimakowego dla współautora opracowania
Złoty medal dla współautora za „Mobilne Systemy Multimedialne do Badań Przesiewowych Słuchu i Mowy” Salon International des Inventions, Genewa
Dyplom dla autora podczas Międzynarodowej Wystawy Wynalazków IWIS 2008 za projekt pod nazwą „Cement szklano-jonomerowy do stosowania w otochirurgii”
Nominacja i udział w finale nagrody Fundacji Nauki Polskiej za wybitne osiągnięcia naukowe w roku 2007
Nominacja do finału konkursu „World Cup of Computer Implemented Invention” za urządzenie do badań słuchu „Kuba Mikro AS”
2007
Złoty medal dla autora podczas 107. Międzynarodowego Salonu Wynalazczości Concours Lépine w Paryżu za projekt „Materiały szklano-jonomerowe dla otochirurgii”
Główna nagroda (GRAND PRIX) dla współautora podczas Międzynarodowej Wystawy Wynalazków IWIS 2007 za audiometr przesiewowy „Kuba Mikro AS”
Nagroda „Człowiek Roku 2007” w VIII edycji konkursu „Sukces Roku 2007 w ochronie zdrowia przyznana przez wydawnictwo medyczne Termedia
2006
„Perła Honorowa” przyznana za osiągnięcia naukowe, przez redakcję magazynu „Polish Market” oraz Polską Akademię Nauk
Nagroda i tytuł „Polski Produkt Przyszłości” dla współautora, przyznana przez Polską Agencję Przedsiębiorczości za opracowanie i wdrożenie Audiometru Skriningowego Kuba Mikro AS
2005
Złoty medal dla współautora podczas 54. Światowego Salonu Wynalazczości i Postępu Technicznego Brussels-Eureka 2002 za unikalne urządzenie do badań przesiewowych słuchu Kuba–Micro AS (2005)
Złoty medal za urządzenie „Audiometr S” do przesiewowych badań słuchu przyznany podczas trwania 54 Światowego Salonu Wynalazczości i Postępu Technicznego „Brussels Eureka 2005”
2004
Złoty medal dla współautora za urządzenie „Kuba-mikro” podczas 103. Międzynarodowego Salonu Wynalazczości „Concours Lepine 2004” w Paryżu
Dyplom „Piękniejsza Polska” nadany przez Ruch „Piękniejsza Polska” pod patronatem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego
2003
Złoty medal dla współautora podczas 102. Międzynarodowego Salonu Wynalazczości „Concours Lépine” w Paryżu za multimedialne systemy do badań słuchu, mowy i wzroku
„Trwały Ślad” nagroda JM Rektora Akademii Górniczo-Hutniczej im. Stanisława Staszica w Krakowie
Medal dla współautora za „Multimedialne systemy do badań przesiewowych słuchu, mowy i wzroku” na Targach Innowacji Gospodarczych i Naukowych „INTARG” – Katowice
Nagroda Światowej Fundacji „Zdrowie-Rozum-Serce” i Międzynarodowej Kapituły Wyróżnień w kategorii „Polski Wynalazek Roku 2000” za programy badania słuchu i mowy za pośrednictwem Internetu
Wyróżnienie autorskie za nominację do nagrody – „EuroPrix 2000” dla programu „Słyszę…” Frankfurt
Wyróżnienie autorskie dla programu „Słyszę…” – w finale konkursu „Stockholm Challenge Award’2000”, Sztokholm
Dyplom za wyróżniające prezentacje na Kongresie Międzynarodowym „The Second Asia Pacific Symposium on Cochlear Implants and Related Sciences”, Seoul Korea za referat pt.: „The first auditory brainstem implantation In Poland”
1985
Nagroda w Ogólnopolskim Konkursie Naukowym im. Tytusa Chałubińskiego
1983
Czterokrotna nagroda Rektora Akademii Medycznej w Warszawie (1983 – 2000)
Nagroda Naukowa Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Otolaryngologów Chirurgów Głowy i Szyi im. prof. Jana Miodońskiego
1978
Srebrny Eskulap w Konkursie Studenckim Primi Inter Pares
Nagrody i wyróżnienia za działalność organizacyjną i społeczną
